ยุคศักดินา
ชัยชนะของตระกูลมินะโมะโตะแสดงถึงความเสื่อมของบัลลังก์อำนาจทางการเมืองของจักรพรรดิอย่างแท้จริง และเป็นจุดเริ่มต้นของการปกครองโดยระบอบศักดินา ภายใต้การปกครองของโชกุน หรือผู้ปกครองทางการทหารที่สืบต่อกันมา 700 ปี
ในปี ค.ศ.1192 โยริโตะโมะ หัวหน้าตระกูลมินะโมะโตะที่เป็นผู้ชนะสงครามได้สถาปนาระบบโชกุน หรือรัฐบาลทหาร ที่เมืองคามากุระใกล้กับนครหลวงโตเกียวในปัจจุบันและยึดอำนาจบริหารบางประการที่เคยเป็นอำนาจของจักรพรรดิในกรุงโตเกียว และเพื่อต้านสิ่งที่ถือว่าเป็นความเสื่อมของเกียวโตที่ได้ฝักใฝ่ในสันติภาพ โชกุนที่เมืองคามากุระได้สนับสนุนความมัธยัสถ์อดออมและศิลปะการต่อสู้ป้องกันตัว ตลอดจนความมีระเบียบวินัยซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นที่จะฟื้นฟูอำนาจการควบคุมทั่วทั้งแผ่นดินอย่างมีประสิทธิภาพกลับคืนมา โดยเฉพาะอย่างยิ่งการควบคุมกลุ่มที่มีอิทธิพลทางการทหารในจังหวัดที่อยู่ไกลออกไป สมัยคามากุระ ซึ่งเป็นชื่อเรียกยุคของระบบโชกุนของโยริโตะโมะเป็นยุคที่มีแนวคิดในเรื่องของความกล้าหาญและรักเกียรติยศ (bushido) ซึ่งเป็นวิถีชีวิตของซามูไร
ในปี ค.ศ.1213 อำนาจที่แท้จริงได้เปลี่ยนมือจากตระกูลมินาโมะโตะไปยังตระกูลโฮโจ ซึ่งเป็นตระกูลทางภรรยาของโยริโมะโตะโดยเป็นผู้สำเร็จราชการให้โชกุน ตระกูลโฮโจค้ำจุนรัฐบาลที่เมืองคามากุระไว้ได้จนถึง ค.ศ.1333 ในระหว่างนั้นกองทัพมองโกลบุกกิวชิวตอนเหนือถึง 2 ครั้ง ในปี ค.ศ.1274 และ ค.ศ.1281 ถึงแม้ว่าจะมีอาวุธที่ด้อยกว่าแต่นักรบญี่ปุ่นก็สามารถรักษาพื้นที่ไว้ได้และป้องกันไม่ให้ผู้รุกรานบุกลึกเข้าไปตอนในของประเทศ หลังจากที่กองทัพเรือส่วนใหญ่ของชนเผ่ามองโกลประสบความเสียหายอย่างหนักจากพายุใต้ฝุ่นในการบุกญี่ปุ่นทั้งสองครั้ง กองทัพมองโกลจึงได้ถอยทัพไปจากญี่ปุ่น
การฟื้นฟูอำนาจการปกครองโดยจักรพรรดิมีขึ้นในช่วงสั้นๆ ตั้งแต่ ค.ศ.1333 จนถึง ค.ศ.1338 ตามมาด้วยรัฐบาลทหารชุดใหม่ซึ่งสถาปนาโดยตระกูลอาชิคางะ ที่มุโรมาจิในกรุงเกียวโต สมัยมุโรมาจิดำเนินต่อมากว่า 200 ปี ตั้งแต่ ค.ศ.1338 จนถึง ค.ศ.1573 ในยุคนี้ระเบียบวินัยที่เคร่งครัดของลัทธิบูชิโดแสดงให้ปรากฎทั้งในด้านความงามทางศิลปะและศาสนา และมีอิทธิพลลึกล้ำต่อศิลปะของประเทศ ลักษณะเด่นซึ่งคงอยู่แม้ในปัจจุบันนี้คือลักษณะของความอดกลั้น และความเรียบง่าย
หลังจากที่ได้ปกครองประเทศมา 200 ปี ระบบโชกุนที่ มุโรมาจิ ต้องเผชิญกับการท้าทายอำนาจที่เพิ่มขึ้นทุกทีจากกลุ่มผู้มีอำนาจทางการทหารหลายกลุ่มที่เป็นคู่แข่งในภาคอื่นๆ ของประเทศ ในช่วงปลายศตวรรษที่ 16 ได้เกิดสงครามกลางเมืองขึ้นในประเทศญี่ปุ่นเพราะบรรดาขุนนางที่หัวเมืองต่างทำสงครามเพื่อชิงความเป็นใหญ่ โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ ขุนพลผู้ยิ่งใหญ่เป็นผู้ทำให้บ้านเมืองสงบเรียบร้อยได้ในที่สุดเมื่อปี ค.ศ.1590 ในปี ค.ศ.1592 และ ค.ศ.1597 โทโยโตมิ ได้บุกประเทศเกาหลี แต่ไม่สำเร็จทั้งสองครั้งเนื่องจากเผชิญการต่อต้านของเกาหลีและจีน โตกุงาวะ อิเอยะสึ ผู้สถาปนาระบบโชกุนโตกุงาวะเป็นผู้เสริมสร้างประเทศญี่ปุ่นต่อจากที่โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ ได้รวบรวมเป็นปึกแผ่นให้มั่นคงยิ่งขึ้น ในช่วงระยะเวลาของสงครามกลางเมืองนี้เอง ปราสาทที่มีชื่อเสียงที่สุดของญี่ปุ่นหลายแห่งก็ถูกสร้างขึ้น
ความเป็นเอกภาพในการแยกตัวอยู่โดดเดี่ยว (sakoku)
อิเอยะสึตั้งตนเป็นผู้ปกครองญี่ปุ่นทั้งประเทศที่มีอำนาจอย่างแท้จริง โดยขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนที่เมืองเอโดะ ซึ่งปัจจุบันคือกรุงโตเกียวในปี ค.ศ.1603 ซึ่งเป็นจุดแห่งการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น โชกุนอิเอะยะสึได้สร้างแบบแผนแทบจะทุกแง่มุมของวิถีชีวิตของประเทศญี่ปุ่น โดยเฉพาะอย่างยิ่งสถาบันทางการเมืองและสังคมให้เป็นแบบอย่างต่อมาอีก 265 ปี
การที่โชกุนโตกุงาวะดำเนินการปิดประเทศจากโลกภายนอกโดยสิ้นเชิงในปี ค.ศ.1639 นับเป็นวิธีหนึ่งที่จะรักษาเสถียรภาพของโครงสร้างทางสังคมและการเมืองที่อิเอะยะสึได้ก่อตั้งขึ้น ชาวตะวันตกกลุ่มแรกได้เดินทางมาถึงชายฝั่งญี่ปุ่นในศตวรรษก่อนคือในสมัยมุโรมาจิ พ่อค้าชาวโปรตุเกสขึ้นบกที่เกาะเล็กๆ เกาะหนึ่งทางตะวันตกเฉียงใต้ของญี่ปุ่นในปี ค.ศ.1543 โดยได้นำอาวุธปืนเข้าในประเทศญี่ปุ่น อีกไม่กี่ปีต่อมาคณะผู้สอนศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกนำโดยนักบุญ ฟรานซิส ซาเวียร์ ตลอดจนชาวสเปนอีกหลายกลุ่มได้เดินทางเข้ามาในประเทศญี่ปุ่น กลุ่มพ่อค้าชาวเนเธอร์แลนด์ และอังกฤษก็ได้เข้ามาตั้งรกรากในแผ่นดินญี่ปุ่นด้วยเช่นกัน
การหลั่งไหลเข้ามาของชาวยุโรปมีผลกระทบต่อญี่ปุ่นอย่างมาก คณะผู้สอนศาสนาทำให้ชาวญี่ปุ่นเปลี่ยนศาสนากันมาก โดยเฉพาะทางตอนใต้ของญี่ปุ่น โชกุนตระหนักดีว่าศาสนาคริสต์อาจจะมีอานุภาพในการทำลายทัดเทียมกับอาวุธปืนที่เข้ามาในญี่ปุ่น ในที่สุดได้มีการสั่งห้ามเผยแพร่ศาสนาคริสต์ในญี่ปุ่น และโชกุนโตกุงาวะได้ออกคำสั่งห้ามชาวต่างชาติทุกคนเข้าประเทศญี่ปุ่น ยกเว้นกลุ่มพ่อค้าชาวเนเธอร์แลนด์กลุ่มเล็กๆ กลุ่มหนึ่งที่ถูกจำกัดบริเวณอยู่ที่เกาะเดจิมะที่อ่าวนางาซากิ ตลอดจนชาวจีนจำนวนหนึ่งที่อาศัยอยู่ที่นางาซากิ และทูตจากราชวงศ์ลีของประเทศเกาหลีที่เดินทางมาญี่ปุ่นเป็นครั้งคราว เป็นเวลา 250 ปีที่ญี่ปุ่นได้ติดต่อกับโลกภายนอกผ่านกลุ่มคนเหล่านี้เท่านั้น นักวิชาการญี่ปุ่นได้รับความรู้เบื้องต้นเกี่ยวกับการแพทย์ตะวันตกและวิทยาศาสตร์แขนงอื่น ๆ โดยผ่านทางกลุ่มพ่อค้าที่เมืองเดจิมะในระหว่างระยะเวลาแห่งการแยกตัวอยู่อย่างโดดเดี่ยวอันยาวนานของประเทศ
การฟื้นฟูระบบการปกครองที่มีพระจักรพรรดิเป็นประมุข
ในช่วงปลายศตวรรษที่ 18 และต้นศตวรรษที่ 19 ญี่ปุ่นตกอยู่ภายใต้ความกดดันที่เพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ เพื่อให้เปิดประเทศสู่โลกภายนอก อีกทั้งโครงสร้างทางสังคมและการเมืองอันเข้มงวดที่อิเอยะสึเป็นผู้กำหนดขึ้นภายในประเทศญี่ปุ่น ก็เริ่มที่จะทำให้เกิดความตึงเครียดอันเนื่องมาจากยุคสมัยที่เปลี่ยนไป
ในปี ค.ศ.1853 พลเรือจัตวา แมทธิว ซี เพอร์รี่ แห่งสหรัฐอเมริกา นำกองเรือ 4 ลำเข้ามาในอ่าวโตเกียว พลเรือจัตวาแมทธิวกลับมาอีกครั้งในปีถัดมา และประสบความสำเร็จในการชักจูงให้ญี่ปุ่นลงนามในสนธิสัญญาสัมพันธไมตรีกับประเทศสหรัฐอเมริกา ต่อมาในปีเดียวกันนั้นเอง ญี่ปุ่นได้ลงนามในสนธิสัญญาทำนองเดียวกันกับประเทศรัสเซีย อังกฤษ และเนเธอร์แลนด์ ดังนั้นจึงเป็นการเปิดประเทศญี่ปุ่นอีกครั้งหนึ่ง สี่ปีต่อมาสนธิสัญญาเหล่านี้ได้ถูกเปลี่ยนเป็นสนธิสัญญาทางการค้า และญี่ปุ่นได้ลงนามในสนธิสัญญาทำนองเดียวกันนี้กับประเทศฝรั่งเศสด้วย
ผลกระทบจากเหตุการณ์เหล่านี้ เพิ่มความกดดันแห่งกระแสทางสังคมและการเมือง ซึ่งกัดกร่อนรากฐานของโครงสร้างระบบศักดินาทีละน้อย ความวุ่นวายครั้งใหญ่ได้เกิดขึ้นกินเวลาประมาณทศวรรษ จนกระทั่งระบบศักดินาของโชกุนโตกุงาวะได้สิ้นสุดลงในปี ค.ศ.1867 และได้ถวายอำนาจอธิปไตยทั้งมวลคืนพระจักรพรรดิในการปฏิรูปเมจิ (Meiji Restoration) ในปี ค.ศ.1868